В 1993 году дизайнер заключает контракт с BPI (Beauté Prestige International) — парижским подразделением японского концерна Shiseido и выпускает первый аромат Classique. Готье посвящает его своей бабушке и лично разрабатывает оригинальный дизайн коробки: её роль выполняет металлический цилиндр, стилизованный под консервную банку («банку корма для кошек из супермаркета», объясняет кутюрье). Автор композиции — Жак Кавалье-Белльтрюд (впоследствии он же подпишет более 10 её версий, в том числе коллекционное издание Snow Globe). Эскиз флакона в виде женского торса рисует сам Готье.

Спустя два года выходит первый мужской аромат — Le Male; его «нос» Франсис Кюркджян создаст для бренда ещё ряд композиций, среди которых будут Fragile (1999) и Monsieur Eau du Matin (2008). В это же время Classique и Le Male становятся основами для одноименных коллекций и многочисленных фланкеров, выпускаемых с измененным декором флаконов; они составят большую часть новинок бренда в последующие девять лет.

В 2008 году выходит флагман Ma Dame. Его лицом становится эпатажная модель Агнесс Дейн, а дизайн прямоугольных флаконов со знаковым для бренда корсетом внутри разрабатывает Франческо Моретти; он же придумает оформление Kokorico (2011) и «вечерней» версии Kokorico by Night (2012).

В 2016 году лицензия на парфюмерию Jean Paul Gaultier переходит к испанскому концерну Puig. Бренд корректирует дизайн культовых флаконов: у мужского силуэта становятся шире плечи, у женского — тоньше талия («Силуэт изменился, потому что мир изменился!», объясняет Готье) и выпускает 2 очередных фланкера: Classique Essence de Parfum, созданный Дафной Бюже, и Le Male Essence de Parfum от Квентина Биша.

В 2017 году дом представляет Scandal — дебютный совместный флагман Jean Paul Gaultier и Puig, заявивших о нем как о «первой за долгое время попытке прервать лихорадочную череду ограниченных выпусков». Стеклянный флакон классической формы украшают оригинальной крышкой в виде женских ножек (для фланкера 2019 года их «оденут» в рождественские чулки). Лицом аромата становится модель Ванесса Аксенте; в промо-ролике она исполняет роль министра, приезжающего утром в Елисейский дворец сразу после зажигательной вечеринки в ночном клубе («Мы решили объединить в рекламной кампании секс и политику», объяснил Хосе Мануэль Албеса, PR-директор Puig). Авторы композиции — творческое трио Дафны Бюже, Фабриса Пеллегрена и Кристофа Рейно.

В 2019 году выходит дуэт Le Beau и La Belle, созданный Соней Констан и Квентином Бишем, фланкеры Classique Cabaret и Le Male Supreme и новая версия Scandal — Scandal a Paris, лицом которой становится Ирина Шейк. Вслед за ними бренд возвращается к выпускам фланкеров классических линеек.